A Fehérje Bioinformatika Kutatócsoport a Természettudományi Kutatóközpont Enzimológiai Intézetében működik, vezetője Dr. Tusnády Gábor. A csoport 2019-ben a Fehérjeszerkezet Kutatócsoport (vezetője Prof. Dr. Simon István) és a Membránfehérje Bioinformatika Kutatócsoport összevonásával alakult meg.
A csoport fő célkitűzése a membrán fehérjék topológiájának és 3Ds szerkezetének vizsgálata, olyan modern bioinformatika eljárások kifejlesztésével, mint a CCTOP, vagy TMFoldRec eljárások, valamint adatbázisok létrehozásával és karbantartásával, amelyek a transzmembrán fehérjék topológiájával és szerkezetével kapcsolatosak. A csoportban vizsgálják még a transzmembrán és globuláris fehérjékben előforduló rendezetlen régiókat valamint ezen régióknak a fehérje-fehérje kölcsönhatásokban betöltött szerepét és a transzmembrán fehérjék kölcsönhatási hálózatát. A bioinformatikai eljárások mellett a csoport részt vesz transzmembrán fehérjék szerkezeti és localizációs adatainak generálására alkalmas nagy áteresztő képességű módszer fejlesztésében is.
A transzmembrán fehérjék vizsgálatában elért eredményeken kívül a csoport bekapcsolódott számos új generációs szekvenáláson (NGS) alapuló kutatásba, kezdve a csirke DT40 bursal limfóma sejtvonal és a Micoplazma sp HU2014 genom szekvenálástól az általános kemoterápiás szerek mutagén hatásának és a formalinnal fixált, parafinba ágyazott tumor minták TruSeq Custom Amplicon esszé klinikai validációján át, ismert és ismeretlen virális patogének növényekben való azonosításáig.
Aktuális együttműködések
Prof. Szentirmay Zoltán, igazgató, Onkológiai Intézet, Sebészi és Molekuláris Daganatpatológiai Centrum, Különböző ritka tumorok FFPE/NGS adatainak bioinformatika feldolgozása
Dr. Tóth Erika főorvos, Onkológiai Intézet, Sebészi és Molekuláris Daganatpatológiai Centrum, Különböző ritka tumorok FFPE/NGS adatainak bioinformatika feldolgozása
Szállási Zoltán, Pediatrics, Harvard Medical School; Pediatrics, Boston Children’s Hospital
Várallyay Éva, Mezőgazdasági Biotechnológiai Kutatóintézet Diagnosztikai Kutatócsoport
Főbb műszerek, berendezések
Supermicro kompjuter klaszter (1024 CPU mag, 4Gb RAM CPU magonként (összesen 2Tb RAM), 240 Tb redundáns winchester kapacitás.
Web szerver (20 CPU mag, 160Gb RAM, 2x4Tb redundáns Sata disk, 2x4Tb PCIexpress SSD disk)
